Print this page
Friday, 04 February 2022 14:48

Servis Revigo u katalogu usluga projekta NI4OS-Europe

Written by 

Mrežni servis IRB-a Revigo odnedavno je dostupan u katalogu usluga projekta NI4OS-Europe.

Revigo je namijenjen istraživačima u biologiji i biomedicini te mu je cilj pojednostavljenje interpretacije rezultata takozvanih “Gene Set Enrichment” bioloških eksperimenata, kod kojih su konačni rezultati izraženi preko značajne promjene u ekspresiji određenih genskih funkcija (vokabular zasnovan na Gene Ontology (GO)). Reduciranjem dugačkih lista, često sinonimnih GO pojmova (REVIGO algoritam) servis nalazi reprezentativni podskup GO pojmova koristeći različite mjere semantičke sličnosti, te dodatno olakšava interpretaciju projiciranjem reducirane liste GO kategorija u 2-dimenzionalni, interaktivni semantički prostor GO.

Projekt NI4OS-Europe (National Initiatives for Open Science in Europe) je projekt u sklopu Obzor 2020 (Horizon 2020) programa Europske unije, a dio je aktivnosti na uspostavi Europskog oblaka za otvorenu znanost (engl. European Open Science Cloud, EOSC). NI4OS-Europe izgradnji EOSC-a doprinosi pružanjem tehničke podrške za prilagodbu računalnih servisa za EOSC, računalnom infrastrukturom, te specijaliziranim web-servisima, alatima i repozitorijima iz različitih znanstvenih područja dostupnih putem kataloga usluga.

 Iz kataloga izdvajamo potencijalno zanimljive servise za područje prirodnih znanosti.

  • FEPrepare – automatizira postupak izvođenja NAMD/FEP simulacija
  • DREAMM – analizira površinu perifernih membranskih proteina
  • NanoCrystal – kristalografski alat namijenjen stvaranju koordinata nanočestica iz bilo kojeg materijala kristalne strukture
  • Schrödinger API – nudi napredne metode u rješavanju višedimenzionalne vremenski neovisne Schrödingerove jednadžbe
  • ChemBioServer – filtrira i grupira kemijske spojeve koji se koriste u procesu otkrivanja i razvoja lijekova
  • Gaussian API – service for fitting repulsive potentials in density-functional tight-binding with Gaussian process regression
Last modified on Friday, 04 February 2022 15:05