S obzirom na 2008. godinu kada se IF izračunavao za 14 hrvatskih časopisa, broj hrvatskih časopisa za koje se izračunava IF se u 2009. godini značajno povećao – sada JCR donosi IF za ukupno 35 hrvatskih časopisa (24 časopisa u Science Editionu i 12 časopisa u Social Science Editionu (časopis Psychiatria Danubina je zastupljen u oba dijela JCR-a)). Razlog tako velikog povećanja zastupljenosti hrvatskih časopisa leži u činjenici što posljednjih godina Thomson Reuters intenzivno radi na povećanju indeksiranosti časopisa iz zemalja tzv. “znanstvene periferije” i časopisa na nacionalnim jezicima u bazi podataka Web of Science, pri čemu su profitirali hrvatski znanstveni časopisi. Tako se u narednim godinama može očekivati još nekolicina hrvatskih časopisa koji su trenutno zastupljeni u WoS-u, ali nisu indeksirani dovoljno dugo (3 godine) kako bi im se mogao izračunati IF.
S obzirom na 2008. godinu, većina hrvatskih časopisa iz Science Editiona je zadržala IF u 2009. na istoj razini. Veći pomak u pozitivnom smislu su napravili časopisi Signa Vitae, Metalurgija i Food Technology and Biotechnology. S druge strane, sva 3 hrvatska časopisa koja su u 2008. bila zastupljena u Social Science Editionu za 2009. godinu imaju znatno manji IF.
U nastavku donosimo popise hrvatskih znanstvenih časopisa u Science i Social Science Editionu JCR-a zajedno s njihovim faktorima utjecaja za 2009. i 2008. godinu (ukoliko im se IF za 2008. godinu izračunavao) te Eigenfactor Score za 2009. godinu. Napominjemo da se dolje navedeni časopisi ne mogu međusobno uspoređivati prema visini faktora utjecaja, ukoliko časopisi ne pokrivaju isto znanstveno područje. Iz tog su razloga časopisi u tablicama i navedeni prema abecednom redu.
JCR Science Edition:
| Journal | IF 2009 | IF 2008 | Eigenfactor Score |
| ACTA ADRIAT | 0.459 | 0.00041 | |
| ACTA CLIN CROAT | 0.188 | 0.00014 | |
| ACTA DERMATOVENER CR | 0.461 | 0.00026 | |
| BIOCHEM MEDICA | 0.660 | 0.00007 | |
| CHEM BIOCHEM ENG Q | 0.387 | 0.346 | 0.00077 |
| CROAT CHEM ACTA | 0.805 | 0.831 | 0.00223 |
| CROAT J FOR ENG | 0.235 | 0.00004 | |
| CROAT MED J | 1.373 | 1.114 | 0.00305 |
| FOOD TECHNOL BIOTECH | 0.976 | 1.273 | 0.00215 |
| GEOD LIST | 0.167 | 0.00000 | |
| GEOFIZIKA | 0.500 | 0.00034 | |
| MATH INEQUAL APPL | 0.493 | 0.500 | 0.00326 |
| METALURGIJA | 0.439 | 0.216 | 0.00054 |
| MLJEKARSTVO | 0.711 | 0.00003 | |
| NEUROL CROATICA | 0.077 | 0.069 | 0.00002 |
| OPER MATRICES | 0.603 | 0.00064 | |
| PAEDIATR CROAT | 0.215 | 0.00004 | |
| PERIOD BIOL | 0.229 | 0.204 | 0.00050 |
| PROMET-ZAGREB | 0.072 | 0.00001 | |
| PSYCHIAT DANUB | 0.702 | 0.00038 | |
| SIGNA VITAE | 0.175 | 0.045 | 0.00003 |
| STROJARSTVO | 0.048 | 0.000 | 0.00009 |
| T FAMENA | 0.208 | 0.00008 | |
| TEKSTIL | 0.171 | 0.137 | 0.00016 |
JCR Social Science Edition:
| Journal | IF 2009 | IF 2008 | Eigenfactor Score |
| COLLEGIUM ANTROPOL | 0.503 | 0.687 | 0.00211 |
| DRUS ISTRAZ | 0.065 | 0.196 | 0.00007 |
| EKON ISTRAZ | 0.036 | 0.00000 | |
| GOVOR | 0.000 | 0.00000 | |
| JEZIKOSLOVLJE | 0.067 | 0.00000 | |
| LJETOP SOC RADA | 0.109 | 0.00000 | |
| ODGOJNE ZNAN | 0.022 | 0.00000 | |
| PSYCHIAT DANUB | 0.702 | 0.00038 | |
| REV SOC POLIT | 0.170 | 0.390 | 0.00007 |
| SOCIOL PROST | 0.188 | 0.00000 | |
| SUVREM PSIHOL | 0.156 | 0.00004 | |
| ZB RAD EKON FAK RIJE | 0.185 | 0.00002 |