U tu smo svrhu prvo pretražili bazu Web of Science (WoS) i utvrdili bibliografsku kategorizaciju članaka objavljenih u 2003. i 2004. godini u časopisu Nature, New England Journal of Medicine (NEJM), Anais da Academia Brasileira de Ciencias (AABC) i Croatian Medical Journal (CMJ). Potom smo ocijenili sadrže li pojedinačni članci izvorne znanstvene rezultate. Nadalje smo utvrdili broj citata u 2005. godini za svaki objavljeni članak, i usporedili dobivene podatke sa podacima u izdanju JCR za 2005. godinu.
Veliki časopisi objavili su više članaka koji su prema bazi WoS kategorizirani kao članci koji ne sadrže izvorne podatke i zbog toga se se ne citiraju (non-citable items - urednički materijal, pisma, novosti, prikazi knjiga, bibliografski članci ili ispravci). Neki članci koji su u bazi WoS bili označeni kao članci koji se ne citiraju ipak su sadržavali izvorne znanstvene podatke i dobili značajan broj citata.
Ukupan broj izvornih članaka (citable items - kategorije article i review) i ukupan broj citata utvrđenih pojedinačnim pretraživanjem članaka u bazi WoS nisu odgovarali podacima o IF iz izdanja JCR za 2005. godinu. Kada smo za izračun IF uzeli sve članke koji su sadržavali izvorne rezultate istraživanja, IF je za sve časopise bio manji od IF objavljenog u JCR izdanju iz 2005. godine. Stoga smo zaključili da neovisno o veličini časopisa objavljivanje članaka koji ne sadrže izvorne znanstvene podatke i neprecizna kategorizacija članaka mogu značajno izmjeniti IF.